Iki 1795 m. Naisiai priklausė valstybės iždui, buvo Šiaulių ekonomijos dvaras. Kartu su visa Šiaulių ekonomija Rusijos imperatorė Jekaterina II Naisius padovanojo grafui Platonui Zubovui. 

1904 m. balandžio 19 d. Vilniaus švietimo įstaigos globėjo nurodymu grafui Vladimirui Zubovui leidžiama jo dvaruose atidaryti keturias vienaklases pradines mokyklas. Viena iš jų pradėjo veikti Naisiuose. Pirmoji mokytoja – Ana Guseva, baigusi Sankt Peterburgo progimnaziją, iki tol dirbo Naisių dvaro valdytojo E. Gaidamavičiaus vaikų mokytoja. 

Po Pirmojo pasaulinio karo dvaras priklausė Aleksandrai Zubovaitei Fledžinskienei. Šiandien buvusioje dvaro sodyboje išlikę keturi pastatai, iš jų ir buvę dvaro rūmai.

Kaip nuvykti į Naisius?

Nuo kelio Šauliai - Pakruojis (150) pasukam ties Žeimiais ir patogiu asfaltuotu keliu pasieksime Naisius.
Nuo kelio Joniškis - Šiauliai (E77-A12) reikėtų sukti pro Meškuičius, nuo Meškuičių iki Naisių reikėtų važiuoti žvyrkeliu.
Naisiai pasiekiami ir kitais žviruotais keliais, jeigu nuspresite vykti šiais keliais patariame pasitisklinti kelią žemėlapyje.